Voici des commandes pour utiliser Pandoc via Notepad++ (par la commande 'Run'). Je n'ai pas ajouté l'option de ligne de commande pour faire une bibliographie.

Voici un exemple de document Markdown pour tester l'installation :
http://johnmacfarlane.net/pandoc/demo/README

Export Markdown > HTML standalone (un seul fichier) :
cmd /C cd $(CURRENT_DIRECTORY) && pandoc --standalone --self-contained --smart --table-of-contents -H document.css -f markdown -t html5 -o $(NAME_PART).html $(FILE_NAME)

Note: L'export cherche une feuille de style CSS nommée document.css, placée à côté du document à convertir. Vous pouvez utiliser celle que j'ai faite comme base :
http://gregoire.surrel.org/links/?T51SfA

Export Markdown > LaTeX :
cmd /C cd $(CURRENT_DIRECTORY) && pandoc --standalone --smart --table-of-contents -f markdown -t latex -o $(NAME_PART).tex $(FILE_NAME)

Export Markdown > DocX:
cmd /C cd $(CURRENT_DIRECTORY) && pandoc --standalone --smart --table-of-contents -f markdown -t docx -o $(NAME_PART).docx $(FILE_NAME)